鳗鱼真菌病
鳗鱼真菌病主要有水霉病、鳃霉病两种，其病原体水霉菌和鳃霉菌属于真菌类微生物。它们在自然水域中广泛存在，为条件病原菌，通过孢子传播，营腐生生活；喜偏酸性水质，水温13-18℃是霉菌孢子最适宜的感染温度；冬春季节最易流行，死亡率也较高。水霉以“伤口寄生”著称，通常未受伤的健康鳗鱼不易感染。感染初期肉眼看不到症状，当肉眼可见时，内菌丝已深入肌肉蔓延扩散，促使组织坏死；外菌丝向外生长呈棉絮状附在鳗鱼体上即通常所指的“生毛”。日本人称之为“棉冠病”。鳗鱼感染后多见于头部、尾部和背鳍处，诊断此病时通过镜检可与类枝虫病或钟形虫病相区别。鳃霉主要危害幼鳗鳃丝，被感染的鳗鱼鳃呈浅白色并带污泥，镜检鳃丝可见霉菌丝，在水质较差的鳗塘中更易发生。
根据病原体喜寄生在鳗体受伤部位，在水温、pH较低的水质中繁殖快的特点，我们应该有针对性地做好预防工作：
①避免鳗体受伤包括冻伤、机械损伤和寄生虫叮咬所伤。
②改变或调整投喂时间和方式，注意防冻保暖。
③适当使用生石灰等，调节并改良池塘水质。
④若鳗鱼已发生细菌性疾病如红鳍病等，要及时医治，防止真菌继发感染。
目前市场上还没有很理想的防治鳗鱼真菌病的药物。以前常用的孔雀石绿因毒性大，已被国家列为禁用药。下面介绍几种亡羊补牢的防治方法供参考：
①用食盐和小苏打合剂全池泼洒。
②用过氧乙酸类消毒剂全池泼洒。必须再提醒的是：治疗鳗鱼真菌病如果先使用抗生素，可能还会加剧病情恶化。
鳗鱼肠炎病
病原及症状：肠炎病的病原主要是由肠型点状产气单胞杆菌及温和气单胞菌引起。外表观察通常可见肛门红肿，排泄物呈灰白色漂浮于水面，病鳗离群独游，活力下降。解剖可见鳗鱼肠壁微充血或严重充血，内含淡黄色或蓝色粘液，轻压腹部可流出脓汁，严重时消化道积水，使腹部膨胀。肝脏肿大呈脂肪状。
流行特点：肠炎病一般全年都有发生，但最为流行的是每年的5-10月份。这个季节里气温适宜，一方面鳗鱼摄食旺盛，有些鳗场不断提高摄食量，造成部分鳗鱼暴食，这样也很容易引起肠道损伤感染；另一方面这个季节里水温升高，细菌繁殖较快，稍微不注意，消毒没有跟上也容易引起感染，特别是梅雨季节，应特别注意。
预防：在常规的预防中，大多数鳗场采用抗生素药物如氟哌酸等内服。然而抗生素长期服用不但对鳗鱼生长产生负面影响，而且更易产生抗药性，使肠炎病反复发作，造成损伤鳗鱼内脏器官机能如肝脏，直接影响生长速度。
实践证明，添加非药物性物质，可以辅助消化系统营养机质，更有效的促进鳗鱼肠道理想微生态环境的形成，减少腐败性代谢产物的含量，增强鳗鱼机体内免疫功能，调整机体代谢，大幅度减少肠炎病的发生率，达到理想的抗病能力。如，每公斤饲料添加2-3克有益微生物活力菌，对预防肠炎病效果不错。
当细菌性肠炎病发生时，在内服治疗药物的同时，全池泼洒二氧化氯或溴氯海因，疗效甚佳。
鳗鱼烂鳃病
在广东、福建等地的鳗鱼池中，经常发现日本鳗患烂鳃病而大量死亡。患病的鳗鱼鳃部组织充血、坏死，并分泌大量黏液，同时还粘附污泥杂物。当发现此种症状时，养殖者往往会统一的将其划归为细菌性烂鳃病，故通常都采用消毒杀菌药物进行病鱼浸浴、池水消毒，内服抗生素等杀菌消炎药物进行治疗，但是，效果往往不好，药物处理后，鳗鱼死亡数量仍有增无减。究竟病因何在？
日本科学家经多年的研究证实，在许多池养的鳗鱼烂鳃病中，有不少病鱼的真正病原体是一种被称为鳗疱疹的病毒。日本科学家的研究成果，为正确诊断鳗鱼烂鳃病，以及进一步研究病毒疫苗，防治鳗疱疹病毒引起的鳗鱼鳃丝腐烂坏死病，奠定了基础。
病毒性烂鳃病症状主要表现为：发病时，病鱼通常丧失食欲，胸鳍、鳃盖和腹部充血发炎。鳃丝严重充血，鳃丝末端坏死，中央结缔组织发炎。经电子显微镜下观察，发现鳃结缔组织内的纤维细胞感染有疱疹病毒，这种病毒对鳗鱼具有很强的致病力。通常，这种病毒性鳃病易发于高密度养殖池中。其中一种鳃病是在鳃片间隙中长出了动脉瘤，其它鳃病则是在鳃丝的中央结缔组织出现明显的充血发炎；在内皮细胞核和血管中发现有类似的病毒粒子，病鱼肝脏充血及肾脏肿胀。
细菌性烂鳃病症状主要表现为：病鱼体色发黑，尤其以头部为甚；游动缓慢，对外界刺激的反应迟钝，呼吸困难，食欲减退；病情严重时，离群独游水面，不吃食，对外界刺激失去反应。发病缓慢，病程较长者，形体消瘦。解剖病鱼，可见其鳃盖内表面的皮肤往往充血发炎，中间部分常糜烂。鳃上粘液增多，常带有污泥，鳃丝肿胀，鳃的某些部位因局部缺血而呈淡红色或灰白色；每天清晨，可看到呼吸困难的病鳗在池边离群独游，靠近岸边食台，甚至爬上岸用皮肤呼吸。此时通常内脏器官外观正常，要注意区分。
综上所述，在病毒性烂鳃病综合预防中可以采用以下方法进行，效果良好：
①平时适当控制投喂量。
②在饲料中添加适量维生素C、维生素E等，饲料中的矿物质要足量。
③尽量使用一些活菌(含硝化菌、硫化菌、枯草杆菌等)制剂如活性氧等来调节水质。
④在药物的选择和使用上要慎重，以免造成鳃部的机械性损伤，使病原体侵入。
细菌性烂鳃病预防：
①使用益池宝全池泼洒，用量为5-6公斤/亩?1米水，用以调节和改良水质。
②鱼种下塘前，用2%-4%的食盐水药浴5-10分钟。
治疗：三氯异氰脲酸(含有效氯85%)遍洒使池水成0.5-0.6ppm浓度。同时内服土霉素，每20公斤饵料添加50-80克，连喂5-7天(一个疗程)。