食用菌工厂化栽培是最具现代农业特征的产业化生产方式，采用工业化的技术手段，在环境可控的设施条件下，采取高效率的机械化、自动化作业，实现规模化、集约化、标准化、周年化生产，保证了较高的净利润率。食用菌工厂化企业应立足优化栽培措施及采用物理防治方法为主，药剂防治则以菇房消毒及培养料播种前处理为主，积极筛选高效低毒低残留的杀菌剂。
一、灭菌
灭菌是防止菌棒（包）寄生性病害发生的最主要环节，灭菌彻底就能杜绝病原生物直接侵染培养基。灭菌锅的型号、容积、放置数量的不同，灭菌效果也有差异。设置适宜灭菌程序，以彻底杀灭培养料中所有的微生物。高压灭菌锅灭菌完成排气结束后，外部空气必须回流到锅内；保持内外压力平衡，在回流口上必须安装高效空气过滤装置，防治杂菌进人锅体。如若杂菌进人锅体极易引起菌包（袋）口处污染。
二、冷却
菌棒（包）灭菌后要经过冷却，待菌棒冷却到温度25度以下时才能接菌。冷却方式有自然冷却与强制冷却（制冷机打冷），自然冷却耗时，工作效率低下，一般都采用强制冷却。冷却过程处置不当，霉菌孢子极易侵入菌包，造成菌包（袋）口处污染，特别是夏天高温、高湿霉菌极易繁殖生长。许多人认为菌棒（包）口污染都是接菌箱灭菌不彻底造成的，其实不然，由于冷却处置不恰当，造成霉菌孢子随着冷气流入菌棒（包）口，在接菌箱灭菌前已经污染菌棒，孢子适时萌发，接菌后6-7天就能发现菌包口污染，误以为是接菌箱灭菌不彻底造成的。
为了预防菌棒口污染，可在菌棒强冷前用“烟熏宝”每立方米0.5至1克对菌棒（包）熏蒸一个小时，杀死空气中的霉菌孢子，同时在菌棒的棉花塞或瓶盖上覆盖一层药剂保护膜，抑制霉菌孢子侵入。此药是预防菌包接菌口污染最有效的办法。经多个工厂两年多试用菌棒接菌口污染可控制在1%之内。注意一定要在强冷开机前一个小时使用，否则效果大大降低。
三、接菌
接菌是菌包成活率高低的最关键环节，目前工厂化菌包接菌的方法采用的是空气净化接菌和接菌箱（室）烟雾消毒接菌。空气净化接菌因投资大，一般大型工厂化生产采用这种方式，中小型企业大都仍采用接菌箱（室）接菌。其实接菌箱（室）接菌是最安全、最有保障的操作。目前接菌箱（室）消毒大都选用二氯异氰尿酸钠烟雾剂。因二氯异氰尿酸钠是一种高效、广谱、新型内吸性杀菌剂，可杀灭种细菌、真菌和病毒，使用安全、简便、用量少等特点，很受生产者喜爱。
但好的二氯异氰尿酸钠烟剂杀菌机理应包括三方面，一是次氯酸的氧化作用，次氯酸为很小的中性分子，它能通过扩散到带负电荷的菌体表面，并通过细胞壁穿透到菌体内部起氧化作用，破坏细菌的磷酸脱氢酶，使糖代谢失衡而至细菌死亡；二是新生态氧的作用，由次氯酸分解形成新生态氧，将菌体蛋白质氧化；三是氯化作用，氯通过与细胞膜蛋白质结合，形成氨氯化合物，从而干扰细胞的代谢，最后引起细菌的死亡。
由于长期使用，霉菌已经对次氯酸产生抗性，加上市面上所售的二氯异氰尿酸钠烟剂配方不合理，高温燃烧后的二氯异氰尿酸钠分解很多，烟剂的转化率达不到50％，造成投药量越来越多，严重伤害操作者身体健康，给安全带来隐患。“一包灵”以安全、高效为出发点，打破二氯异氰尿酸钠消毒极限，每个接菌箱只需一包（4克），在保证速效性基础上，增加了铲除孢子药效，同时在棉花塞、瓶盖上会形成一层保护膜，杀死附着在棉花塞、瓶盖上的病菌，药效可达十天以上，而且对人体非常安全，菌棒成活率达98%以上。
四、库房消毒
工厂化菇体采收后，库房的菇架、地面、墙壁的空隙等地都能隐藏大量的病原菌和杂菌孢子，当新菌包进房，温湿度适宜时，这些孢子就会萌发，形成新的侵染源和污染源，对菇包与子实体造成为害，因此要进行消毒。库房消毒是保证养菌室与出菇房空气净化的主要措施。目前工厂化生产库房消毒主要是用漂白粉或甲酚皂清洗、喷洒地板、菇架，再用福尔马林与高锰酸钾、二氯异氰尿酸钠烟雾剂、二氧化氯消毒片熏蒸等。
这些产品虽具有一定的效果，但存在着难以解决的弊端：
一是杀菌机理单一，对霉菌孢子基本无效，易产生抗药性，药量使用越来越大；二是成本高，每立方米用药量达十几至二十多克，而且对设备有腐蚀性严重，一般两年过后，设备也就报废，得不偿失；三是药效时间短，烟雾散尽，杀菌机能也就结束，要多次重复消毒，才能保证效果。
选用“烟熏宝”消毒，可以大大提高消毒效果，具有安全、高效、绿色环保优势。其主要特点是：一是多重杀菌机理，不产生抗性，对细菌、真菌、病毒均有效，尤其是对细菌类的假单胞杆菌、霉菌属的链孢霉、绿霉、青霉、曲霉、毛霉、根霉等有特效，防治彻底。二是速效性与长效性并重，在迅速杀灭病菌的同时，又能在棉花塞、瓶盖上会附着一层保护膜，长时间发挥药效，抑制霉菌孢子的萌发。三是高效、绿色环保，成本低，安全。
选用高效绿色无公害药剂，运用高端的技术与助剂研制而成，对金属设备无腐蚀，确保设备安全。每立方米只需0.5至1克，就可达到杀菌效果，成本仅为其他产品的十分之一。在库房气温、湿度发生变化时，使用“烟熏宝”熏蒸能有效防止有害杂菌侵蚀菌包，切实提高生物转化率。
五、螨虫
食用菌工厂化生产过程中控制杂菌污染比虫害更为重要。但是虫害在早期未能发现和有效控制，也能导致毁灭性损失。在进排风口安装网罩阻止昆虫或小动物的进入，光对昆虫有引诱作用，晚间室内的光尽量避免泄漏到室外，厂区内的培养料和菇体要清扫干净，采收结束后，对空房间消毒处理。工厂化生产危害最严重的是螨害，在米糠、麸皮等营养物上繁殖很快，厂区周围草丛、木屑堆场也大量存在。培养周期长的菇类上螨虫发生尤为严重，菌种带螨是引起螨虫大爆发的主要原因，可导致大量污染，转色困难，出菇整齐度差，产量低下。
发现螨虫应及早隔离并用杀螨剂处理，控制人员流动，保持个人卫生和服装清洁，阻止螨虫传播。目前通常采取的防治措施是喷洒菊酯类、敌敌畏、有机磷类农药等，易造成农药残留，人员中毒，效果也多不好，主要原因是药物选择不对，而且喷洒有死角，不彻底，特别是菌包里面的螨虫无效。
“菇保·虫螨净”是利用烟剂无孔不入的优点，选用防治螨虫绿色无公害特效药物制成烟剂，把菌包里的螨虫引诱出来杀灭，防治彻底，使用方便，安全，而且对危害食用菌的各类害虫也有非常好的防治效果。