改革后，北京市农业综合执法总队以市农业农村局名义执法，集中行使法律、法规、规章规定应由省级农业农村主管部门行使的行政处罚权以及与之相关的行政检查、行政强制权，主要职责包括负责相关领域重大疑难复杂案件和跨区域案件的查处工作，承担东城区、西城区、石景山区除兽医兽药以外的农业执法工作，负责监督、指导、组织、协调各区农业综合执法工作，以及完成市委、市政府和市委农工委、市农业农村局交办的其他任务。

北京市农业综合执法总队将紧紧围绕首都城市战略定位以及超大城市治理体系和治理能力现代化要求，践行以人民为中心发展思想，严格依法行政，规范文明执法，努力造就一支政治坚定、素质过硬、纪律严明、作风优良、廉洁高效的农业综合行政执法队伍，不断提高农业综合行政执法效能和依法行政水平。