《方案》明确，此次摸排类型分为住宅类，公共管理和公共服务类，工矿、仓储、商服、旅游用途等产业类。对农村宅基地类住宅，以宗为单元开展摸排，并认定房屋是否符合当地“一户一宅”政策或“分户条件”，对单元楼式的多户住宅，以项目为单元开展摸排，摸清房屋类型、建设和使用情况、土地违法和处罚情况等；对另两类，以项目为单元，摸清该类房屋用途、建设主体、建设依据、土地违法和处罚情况等，最终形成农村乱占耕地建房问题工作台账。

《方案》提出，一要做好基础资料准备，国家层面统筹已有的基础数据，以省（区、市）为单位统一下发。各省（区、市）利用国家统一下发的基础资料、本省（区、市）土地利用规划数据、城乡（村庄）规划以及国土空间规划数据、第三次全国国土调查初步成果及有关遥感影像资料，结合农村宅基地和集体建设用地确权发证、地籍调查（测量）以及土地承包经营权调查相关工作成果，制作本地区摸排工作基础资料。二要做好统一数据汇交。国家层面依托自然资源综合信息监管平台，补充完善相关功能，形成农村乱占耕地建房数据汇交平台，建立全国摸排工作台账。各地可利用该汇交平台填报摸排信息、记录房屋位置信息、上传现场照片、上报摸排结果，形成统计汇总结果。三要做好成果质量管控。各地要建立严格的质量控制机制，充分采用公开、公示等方式，确保摸排结果真实、准确。每宗宅基地房屋或每个项目均要明确记录填报人、审核人、复核人等（均可多人），确保填报信息可追溯。

根据《方案》，10月底前，各地将初步摸排结果通过信息平台汇交。11月底前，各省（区、市）组织地方完成核实纠正工作，上报最终摸排结果。